problemas reproduciendo videos .mkv en VLC 0.9.9

Al ir actualizando entre versiones de VLC, y al ser un asiduo usuario de VLC para reproducir mis videos de anime, he llegado a detectar un problema en el momento en que actualicé a la versión 0.9.9. El problema radica en que ya no puedo reproducir mis videos con el codec de Matroska.
Los archivos .mkv, siendo en realidad un contenedor, permiter varios flujos de medios: obviamente el audio y video pero también el de subtítulos con formato.
Hasta la versión 0.9.8a no me ha dado tanto problema. Sin embargo, con esta nueva versión se congela el programa y tengo que cerrarlo y en su lugar usar otro reproductor como por ejemplo el Media Player Classic.